MONET: Molecular Dynamics Extractor & Analyzer

MONET (Molecular Dynamics Extractor & Analyzer) è uno strumento per analizzare traiettorie di dinamica molecolare, sia classica sia ab initio, e le proprietà del sistema simulato. Usa le librerie ASE e MDAnalysis e vi aggiunge funzionalità sviluppate ad hoc, come il calcolo delle funzioni di autocorrelazione e degli ellissoidi termici. Queste analisi servono sia a validare le simulazioni sia a confrontare rapidamente i risultati con i dati sperimentali. MONET permette inoltre di estrarre configurazioni statisticamente non correlate lungo la traiettoria, per un'analisi mirata delle singole strutture molecolari. Infine, un sistema di plugin in Python consente di estenderne le funzionalità secondo le proprie esigenze.